Boğaz ağrısının en önemli nedeni enfeksiyon kaynaklıdır yani mikrobik hastalıklardır. En önemli mikrop grupları ise virüsler ve bakterilerdir. Her iki mikrop grubunun da tedavisi birbirinden farklıdır. Basit virüsler kendi kendilerine yaklaşık olarak bir iki hafta içinde iyileşirlerken, bakterileri kaynaklı boğaz ağrılarına ise antibiyotik kullanımı gerektiren farklı bir tedavi yöntemi gerektirir. Boğaz ağrısı tedavisinde altta yatan asıl rahatsızlıkları iyileştirmede farklı tedavi yöntemleri mevcuttur. Bu yöntemler ise doktor teşhisinden sonra önereceği tedavi yöntemleri ile mümkün olacaktır.