İkisi de bitkilerden faydalanırlar, fakat modern tıp yöntemlerinde bitkinin hastalığa faydalı olan tek bir etken maddesi ayrıştırıldıktan sonra, etki mekanizması ve etki süresi belirlenerek ilaç şekline dönüştürülür. Alternatifte ise bu tür standardizasyonlar tam oturmamıştır. Tek bir etkin madde izole edilmez.